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Une des missions les plus importantes de l’EAZA est la mise en place des Programmes d’Elevage Européens (EEP). Ces programmes permettent de maintenir des populations d’animaux génétiquement viables. La diversité génétique de la population doit donc être la plus proche de celle de la population naturelle. Au niveau international, chaque individu d’une espèce est enregistré dans un stud-book (ESB). Le premier stud-book fut crée pour le bison d’Europe dès 1924. L’ensemble du programme est confié à un spécialiste de l’espèce qui devient coordinateur. Celui-ci va se charger de réunir les données biologiques et d’établir une gestion de l’espèce en captivité.
Pour certaines espèces, ces programmes ont permis des réintroductions dans le milieu naturel : bison d’Europe, oryx d’Arabie, cigogne blanche, vautour fauve, tamarin lion doré…
Le Natur’Zoo de Mervent participe à plusieurs EEP et ESB. Voici quelques-unes des espèces emblématiques appartenant à ces programmes.